永磁变频空压机在如今的使用中，还存在着一些缺点，这些缺点是促使空压机完善的动力，因此要找出缺点不断的完善。

防护等级低：仅为IP23（2指的是直径小于12mm的固体异物可以轻松进入永磁电动机，3指的是与铅垂线成60°以上的溅水就会对永磁电动机造成损害）。

机体故障概率高：由于主机阳转子与永磁变频空压机电动机转子采用一体轴，主机靠近电机侧的轴承要承受比原来大2倍以上的力，使得轴承及油封寿命比原来降低2倍以上。

维修保养麻烦：由于主机阳转子与永磁电动机转子采用一体轴，在主机维修保养或油封漏油时一定要先拆永磁电动机才能拆主机，因为永磁电动机转子是永磁体，永磁转子有很大的磁力，取出需要有经验的操作人员和工具，拆装麻烦。

低频散热差：永磁变频空压机电动机转子与风扇扇叶为集成一体式，当电动机变频调速或长期低频（低转速）运行时，扇叶随电动机同步降速，冷风风量下降，导致低频时散热差，会引起电动机高温，甚至出现退磁现象。